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抗DON单域重链抗体序列分析及三维建模与对接

涂追[1,2] 许杨[1,2] 付金衡[2,3] 刘夏[1,2] 陶勇[2] 江苏农业学报 2011,27(4).-893-898

单域抗体脱氧雪腐镰刀菌烯醇分子模拟分子对接

探讨应用分子模拟与对接技术预测抗脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）单域重链抗体（DONIV2）的三维结构及其与DON的结合模式。采用生物信息学相关工具和网站分析预测DONIV2的理化特性及其二级结构,同源建模方法获得三级结构,然后采用分子对接软件Autodock 4.2将三维结构模型与DON进行分子对接。二级结构和三级结构分析显示,DONIV2由10个β片层结构组成,CDR区为无规则卷曲结构,位于分子的一端,在CDR1、CDR2与CDR3之间形成1条宽度约为1.2 nm的凹槽结构。对接结果显示,可能的DON结合位点由Arg59、Arg103和Arg105等残基组成,他们位于CDR2和CDR3区域。表明通过分子模拟与对接相关工具获得了DONIV2的一、二、三级结构及可能的结合活性位点,为深入认识DON与抗体相互作用机理提供了理论指导,并为下一步DONIV2体外亲和力的成熟提供了线索。