| 一种基于SVR的分辨近天然G蛋白耦联受体—配体构象的方法 |
| 杨凌云[1] 吕强[1,2] 生物信息学 2011(2).-167-170 |
| GPCR SVR 分子对接 |
| 蛋白质小分子对接的难点之一是从生成的大量候选结构中挑选出近天然构象。本文使用了一种基于SVR的方法来挑选RosettaLigand生成的GPCR—配体decoy构象中的近天然构象。首先,对已有数据训练得到一个SVR模型,预测decoy构象的LRMSD,然后依此挑选近天然构象。最终,比较了本文方法和RosettaLigand方法挑选出的近天然构象decoy的质量,结果优于RosettaLigand方法,结果表明了本文方法能够有效地挑选出近天然构象。 |
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