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基于打分矩阵的多类蛋白质折叠子的预测

王春连张晓东生物信息学 2011(1).-42-45,49

打分矩阵相似性打分函数蛋白质折叠子氨基酸的保守指数

依据蛋白质折叠子中氨基酸保守性,以氨基酸、氨基酸的极性、氨基酸的电性以及氨基酸的亲—疏水性为参数,从蛋白质的氨基酸序列出发,采用＂一对多＂的分类策略,通过构建打分矩阵和选取氨基酸序列模式片断,利用5种相似性打分函数对27类折叠子进行识别,最好的预测精度达到83.46%。结果表明,打分矩阵是预测多类蛋白质折叠子有效的方法。