| 蛋白质与极性配体复合物的绝对结合自由能计算 |
| 王存新 宋伟 陈慰祖 |
| 关键词：蛋白质 极性配体复合物 绝对结合自由能 热力学积分法 分子转换法 计算 |
| 主要内容：介绍了用分子动力学模拟与热力学积分法相结合，模拟蛋白质与配体的绝对结合自由能的方法．通过分子转换法，使蛋白质分子(包括水分子)与配体小分子之间的相互作用逐渐减弱(或增强)至完全消失(或完全出现)．运用体约束方法，计算了配体与受体结合后平动、转动自由度的丧失即熵效应所引起的自由能变化．以胰蛋白酶双突变体(D189G／G226D)与极性配体苯甲脒为例，研究了蛋白质活性部位与极性配体的相互作用对结合自由能的影响，该复合物绝对结合自由能的模拟结果(-15．5kJ／mol)与实验值(-10．5kJ／mol)相近． |
| 《生物化学与生物物理进展》 2003,30(1).-143-146 |
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