| 从对接结构中挑选近天然构象的新方法 |
| 于永辉 李春华 卢本卓 陈慰祖 王存新 |
| 关键词：对接结构 近天然构象 打分函数 范德华能 能量优化 分子动力学 分子势能 |
| 主要内容：分析了包含静电能(ΔEele)、去水化自由能(ΔGACE)以及范德华能(ΔEvdw)的打分函数在蛋白质-蛋白质对接中评价近天然构象的能力．对17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明，包含范德华能的打分函数(ΔEele+ΔGACE+ΔEvdw)比通常的打分函数(ΔEele、ΔGACE、ΔEele+ΔGACE、ΔEele+ΔEvdw、ΔGACE+ΔEvdw)具有更好的区分近天然构象的能力．进一步的研究表明，优化(EM)对接体系后再进行打分，上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善，其中打分函数(ΔEele+ΔGACE+ΔEvdw)有更明显的改善．为了进一步确定候选结构中的近天然构象，以一种蛋白质复合物为例，对候选结构进行分子动力学(MD)模拟，根据MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差(MSD)随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象，得到了较好的结果． |
| 《物理化学学报》 2003,19(8).-757-761 |
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