| 新基于GPU的分子动力学模拟并行化及实现 |
| 费辉[1,2,3] 张云泉[1,2] 王可[1,2] 许亚武[4] |
| 关键词：分子动力学 GPU OpenCL CUDA 原子分解法 |
| 主要内容：分子动力学模拟作为获得液体、固体性质的重要计算手段,广泛应用于化学、物理、生物、医药、材料等众多领域。模拟体系的复杂性和精确性的需求,使得计算量巨大,耗费时间长。并行计算是加速大规模分子动力学模拟的重要途径。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为分子动力学模拟等的计算密集型应用提供了新的加速方案。提出了一种基于GPU的分子动力学模拟并行算法——oApT-AD,并在OpenCL和CUDA框架下加以实现。性能测试显示,在Tesla C1060显卡上,该算法在OpenCL框架下的实现相对于CPU的串行实现,最高达到120倍加速比。通过对比发现,该算法在CUDA上的性能与OpenCL基本相当。同时,该算法还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。 |
| 《计算机科学》 2011,38(9).-275-278,287 |
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