| 基于并行聚类的核酸测序方法与系统 |
| CN202310244798.3 2023-3-14 发明申请 |
| 2023-6-6 |
| 公开了一种基于并行聚类的核酸测序方法与系统。通过纳米孔获得特征阻断电流信号数据；将获得的数据传输到GPU平台。在GPU平台上，对当前所处理数据段内的数据进行局部邻居聚类计算，对跨数据段的数据邻居关系进行压缩编码后作为交叠记录进行存储；基于存储的各个数据段的交叠记录进行簇归并；基于局部邻居聚类计算以及簇归并的结果进行簇标签计算。得到的簇标签结果传输回主机平台。在主机平台上，根据簇标签结果测定核酸序列。本发明在用于测序的密度聚类算法的基础上引入时间相关，既能更好抑制噪声，又降低了复杂度。同时，通过将压缩编解码技术应用交叠记录的存储，充分利用GPU的并行处理能力，提高其存储利用率，从而显著提升运算效率。 |
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